O Núcleo Conservação Ex Situ é dedicado às plantas ameaçadas da flora brasileira e atua a partir de duas linhas de ação conexas: o aprimoramento e a ampliação das coleções ex situ de espécies ameaçadas e a integração das ações ex situ aos esforços de conservação integrada. Na primeira linha, o foco é em fortalecer as coleções e as instituições que as mantêm. A segunda linha de ação visa a otimização do uso dos recursos e das coleções ex situ para a conservação in situ. O objetivo fundamental do projeto é evitar e reverter os processos de extinção da flora, através da conservação de germoplasma em coleções de plantas cultivadas, bancos de sementes, criopreservação e cultura em vitro, e da reintrodução das espécies em seus ambientes naturais.